自命不凡的大学教授乔纳森·马福特（David Bunce 饰）带领一群学生去考察，他们乘坐的小型飞机由于流星影响在一片林区迫降，就在学生们以为考察将被迫终止时，教授发现了一种奇怪的踪迹，命令学生们在丛林中搜索前进，最后发现了一个废弃的农庄，全体在这里扎营过夜。                                                                      　　了解了他们的来意之后，农庄的主人（Ben Kahn 饰）给他们看了一个蜘蛛形状的巨型生物的尸体，并告诉他们，从他小时候起，这个怪物就一直在他家的仓库里。教授听到这个消息认为是荒诞无稽之谈。但由于受流星撞击影响早已长眠的怪物爬出山洞，向人们发出死亡的威胁…… （by：水晶 原简介不对的地方很多）

冷战时期，布鲁斯·班纳（艾瑞克·巴纳 Eric Bana 饰）的父亲是美军的一位科学家，致力于研究通过基因改造让人类获得超强的能力，想以此为美军打造超级士兵。可是他的项目没有获得美军的支持，不能进行人体试验，疯狂的父亲为了完成试验就在刚出生的班纳身上进行基因试验。多年后，班纳成为了出色的科学家，专职为军方开发新型的高能炸弹。在一次例行的试验中，由于操作失误，班纳为了保护同事，受到了一场伽马射线的强力辐射。常人如果在这场射线爆炸下肯定必死无疑，可是班纳却活了下来。多年前，父亲在其身上做的试验也因这场核辐射生效。一旦班纳发怒时，就会诱发身体里的神秘力量，变为毫无意识的绿巨人，拥有超强的破坏力和反抗意识。因此，美国军方为了深入研究，开始围追堵截绿巨人……

马文是曾经受“蟑螂”引起的“使兹克病毒”感染的小孩幸存者之一，如今已长大成人。随着其住所附近一些人士的失踪，马文越来越开始相信这种变种昆虫又已重返并肆虐人间。为了求生，为了保护家人和所爱的人，马文虽重病缠身无法离家，却要先发制人消灭这种可怕的生物。

第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。                                                                      　　此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。                                                                      　　在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。

上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。                                                                      　　此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。