西历2071年，迷之机械细胞群突然开始了世界规模的人类讨伐作战计划。2074年，经过长期抗战之后，处于劣势的人类动用了最终破坏兵器，为了歼灭敌人，甚至不惜付出牺牲自己国家庞大国土的代价。于是主要大陆被分成了数块，南极大陆也消失了，地球上的50%以上的陆地被海水所淹没。大战经过了十年后……                                                                      　　原本在大战中受伤而退伍不再当飞行员的冬后大佐，却突然接到了特殊命令。负责教育驾驶日本海军机密研发的、汇集了所有最新设计理念的新武器的飞行员们。令人惊讶的是，这三名飞行员候补生都是十几岁的女孩子。精英军人家庭中成长的一条瑛花也就算了，看着与战争看起来扯不上边的IQ200的天才少女园宫可怜、以及看起来唯一的优点就是有精神的少女樱野音羽这两个人，冬后哑口无言……在严酷的训练中，三人之间的羁绊也越来越深了。                                                                      　　被称为“SKY GIRLS”的少女们，背负着人类的未来和希望。现在正翱翔在这广阔的天空中！！

这是一个被命运背叛的男人，战斗、继续战斗、不断战斗的热血故事。                                                                      　　日复一日，地下村庄基哈村的少年西蒙始终拿着钻头挖掘，并习以为常。但是，西蒙的好友，被称为“大哥”的卡米那终日叫嚣着所谓地上的世界。“穿破天际，到地上的世界去看一看吧”卡米那每日这样想着。但一直未能成功。直到一天，巨大的机械怪物——“颜面”打破村子的天井，进入村子破坏。确认了地上世界的存在，卡米那热情高涨，与地上来的少女优子、小弟西蒙三人一起对抗颜面，并驾驶西蒙意外挖出的机械——“裸眼”冲出了天井，达到了地上的世界！                                                                      　　地球表面展现在少年少女面前，但其实地表上有更多的“颜面”，不断战斗的冒险故事就此展开。西蒙的未来，以任何人都无法想象的方向展开。

主人公·长菜奈寺美被同级生露理诱惑参加了同人志的贩售会。在那里奈寺美第一次接受到同人文化的冲击。在露理和已是同人界超级人气作家的幼年玩伴Justice的影响下，奈寺美也开始了自己的同人活动，不过由于完全是外行人，所以技术完全不行。不过奈寺美并没有因此而灰心，反而向着人气漫画家的方向努力前进，与各种奇怪的朋友一起过着充实的每一天。

故事发生在一个小镇上，冈崎朋也（中村悠一 配音）是光坂高中在校生，因为家庭原因他一直过着浑浑噩噩的生活。他不参加任何社团活动，唯一的朋友是春原阳平（阪口大助 配音）。                                                                      　　某天的上学途中，在樱花飞舞的坡道上，他邂逅了一名少女——古河渚（中原麻衣 配音），从此他的生活发生改变。渚因病休学一年，重返校园的她对周围环境感到相当不适应。她想加入戏剧部，然而戏剧部早已休部。朋也决定帮助她一起开展戏剧部的活动，二人关系变得越发亲密。随后不久朋也在图书馆中结识了一名天才少女一之濑琴美（能登麻美子 配音）。                                                                      　　《CLANNAD》是京都动画根据Key社同名游戏改编的TV版动画作品，动画以游戏原作的古河渚线为主要剧情，并穿插其他女主角的相关剧情。