2050年。由于在父亲创立的制造公司·Rebuild社对“自律机械DZ”的开发做出了贡献，                                                                      　　因而年纪轻轻就赢得了名声的技术人员德里达·伊万（主人公）。                                                                      　　有一次，德里达与同僚内桑注意到了“DZ”的重大缺陷，                                                                      　　但上司却完全不听从忠告，对此感到恼火的他在知道危险的情况下仍然拖延应对，                                                                      　　并前去参加内桑的爱女·玛吉的生日派对。                                                                      　　但，在度过了一时平稳之后的第二天，德里达和内桑遭到神秘部队的袭击。                                                                      　　在出逃的最后，落入冷冻睡眠装置的德里达再次睁开眼时，                                                                      　　时间已经过了10年，放眼望去的世界早已荒废，陷入了战争状态！                                                                      　　就在遭到失控的“DZ”群的袭击，即将放弃一切的时候，                                                                      　　德里达回想起了内桑临终的话语。                                                                      　　“玛吉就拜托你了”                                                                      　　即使对降临到自己身上的命运感到困惑，但为了寻找玛吉，德里达仍然向前迈进。                                                                      　　重逢，超越了“时间”——                                                                      　　这是，思念踏上旅途的故事。

当一个人面临人生中的重要选择之时，头上便会竖起旗帜，而表面看似平凡的少年旗立飒太（逢坂良太 配音），却因为一场意外而获得了能够看见这些旗帜的特异功能。某日，飒太转入了世界闻名遐迩的贵族学校私立旗谷学园，在这里，会发生怎样有趣的故事呢？                                                                      　　傲娇毒舌的公主菜波（木户衣吹 配音），温柔内向的魔法泽茜（芽野爱衣 配音），高贵难以接近的圣帝小路美森（田村由香里 配音），成熟贤惠的青梅竹马召唤寺菊乃（阿澄佳奈 配音），英姿飒爽的盗贼山惠（花泽香菜 配音），在这些可爱女孩子们的包围下，一场有笑有泪的戏剧正式拉开了帷幕。

妹控小说家‧羽岛伊月，随时有一群充满个性的人聚集在他的身旁。 爱与才能都是重量级，高阶的缺憾系美少女‧可儿那由多。 对恋爱迷惘对友情迷惘对梦想迷惘的青春三冠王‧白川京。 鬼畜税金拯救者‧大野艾希莉。 天才插画家‧屁桃。 伊月等人各自心怀迷惘与烦恼，有时一起打电动，有时结 伴旅行，有时埋首工作，每天都过着热热闹闹的日子。 总是温柔地在旁守护，如完美超人般的弟弟‧千寻其实怀有重大的秘密──

忍者は、存在しない。…と、我々は思っている。                                                                      　　仮に忍者が存在したところで、忍者はその姿を我々に晒すことはない。                                                                      　　だからこそ、忍者は『表向きには』存在しないのだ。                                                                      　　主人公、櫻羽一時は、我々と同じく忍者は存在しないと思っている、普通の男子。                                                                      　　彼には普通の、幸せで輝かしい日々が約束されている…はずだった。                                                                      　　ある日、一時は命を狙われ、それが甲賀忍者の仕業であると聞かされる。                                                                      　　なぜ一時は命を狙われたのか？それは…彼が由緒正しき、伊賀忍者第１９代正当後継者だったからなのだ！                                                                      　　伊賀と甲賀は長年対立しており、甲賀は伊賀を侵略しようとしている。                                                                      　　一時が生きるためには…自らも忍者になるしかない！                                                                      　　こうして、誰も知らない忍者の世界に身を投じる一時。                                                                      　　一人前の忍者となるべく学び、戦い、苦難に立ち向かう。                                                                      　　だがそれは、一時が辿る過酷な運命の、ほんの序章でしかなかった…。