股間に人面瘡ができてしまった女性の日々を通して、性や愛の本質とは何かを描いた姫野カオルコの小説を、グラビアアイドルや女優として活躍する岩佐真悠子の主演で映画化。天涯孤独で修道院育ち、汚れを知らないフランチェス子は、大人になって社会に出てからも、どうして男女が付き合い、セックスをするのかという疑問に悶々とした毎日を送る。そんなある日、フランチェス子の股間に人面瘡ができ、フランチェス子を口汚くののしってくる。それでもフランチェス子は、その人面瘡を「古賀さん」と名付け、健気に共生する道を模索するが……。

前人类和普通人类的人种战争已经到了白热化的阶段，野野村组长去世后，吉川（北村一辉 饰）、当麻纱绫（户田惠梨香 饰）和濑文焚流（加濑亮 饰）等人聚在未详总部，苦苦思索J教授的真身。谁知就在当麻刚刚弄清真相的同时，警察医院内的成年和儿童SPEC持有者遭到残忍屠戮。愤怒的当麻无法抑制体内被封印的SPEC，她狂乱暴走，继而现身御前会议。在犹大、世界（向井理 饰）、润（大岛优子 饰）的见证下，法蒂玛第三预言实现了。恐怖刺眼的蘑菇云在上空升起，成千上万的八尺乌遮天蔽日，被欲望所支配与荼毒的世界迎来了毁灭时刻。                                                                      　　在命运的交叉点，当麻和焚流能否阻止世界的灭亡？

经过与一十一（神木隆之介 饰）的恶战，濑文焚流（加濑亮 饰）身受重伤，命几不保。在此期间，青池里子（栗山千明 饰）随女儿小润（森山树 饰）悄然离开医院；而各国政要的一次关于简单计划的秘密会议上，自称卑弥呼的日本代表抹杀所有人，他代表SPEC持有者正式向普通人类宣战。世态险恶的当下，濑文急急出院，和当麻纱绫（户田惠梨香 饰）一同调查青池母女的行踪。而野野村组长（龙雷太 饰）则独自行动，查找简单计划病毒疫苗的下落。新的SPEC持有者交替登场，残酷的杀戮却从未停止。关于前人类的秘密昭然若揭，惨烈浩大的人种战争即将拉开序幕……                                                                      　　本片为SPEC系列完结篇的前篇。

因丈夫在外和情人有了孩子，婚后多年未能生育的百合子（永作博美 饰）在提交了离婚申请书后，只身落寞返回故乡。此前不久，她的继母乙美刚刚过世，失去妻子周到照顾的老父亲热田良平（石桥莲司 饰）凄凉内疚。乙美生前曾照顾许多内心有各种障碍的孩子，绰号小芋的女孩井本幸惠（二阶堂富美 饰）正是其中一员。她此前受乙美所托，开心满怀地来到热田家，找到乙美生前制作的漫画笔记，要给逝者办一场热热闹闹的七七聚会。小芋和巴西人后代春乃助（冈田将生 饰）相继到来，令这对沉浸在悲伤气氛中的父女慢慢振作起来。                                                                      　　他们回忆着乙美生前的点点滴滴，在逝者最后的悉心关怀下，朝着幸福的明天迈进……

故事发生在一座名叫玻璃浦的海滨小镇上，帝都大学物理学副教授汤川学（福山雅治 饰）因公来到此处，入驻了名为“绿岩庄”的旅馆。在旅馆里，汤川结识了名叫恭平（山崎光 饰）的男孩，奇怪的是，平常一接近小孩子就会浑身起疹子的汤川今次尽然安然无恙，这让敏锐的汤川对恭平产生了兴趣。                                                                      　　冢原正次（盐见三省 饰）的尸体被发现于岸边的碎石场上，他生前亦是绿岩庄的客人，为了寻找一名叫仙波英俊（白龙 饰）的杀人犯而来到玻璃浦。尽管冢原的死充满了疑点，但警方依旧判断，这只是一起意外坠落事件。为了调查事件的真相，岸谷美砂（吉高由里子 饰）随同僚们赶到了玻璃浦，让美砂感到奇怪的是，一向对案件避之而不及的汤川竟然主动请缨要求协助调查此事。