本次五郎受京都的商谈对象之托，负责把一辆老旧而危险的车带回东京，途经兵库、三重、静冈等地，踏上了美食之旅。

这是人类的体内。                                                                      　　许许多多的细胞勤奋工作的世界。                                                                      　　某日白细胞(中性粒细胞)与红细胞，遇见了收留迷路乳酸菌的一般细胞。为了将乳酸菌护送至同伴身边，白细胞(中性粒细胞)与一般细胞向肠道出发。                                                                      　　然而他们却与来者不善的最强敌人重逢。                                                                      　　「我和你们到底谁才是正义的一方，趁这次弄个清楚吧」                                                                      　　再次现身的癌细胞。以及遭到坏菌破坏的肠内环境。                                                                      　　体内遭遇前所未有的大危机！？                                                                      　　「束手就擒吧 癌细胞！」                                                                      　　为了守护这个世界，白细胞们(中性粒细胞)向赌上世界命运的大战发起挑战。

该片讲述前作三年后的故事，治理广岛架空都市吴原市黑社会的传说中的刑警大上章吾去世之后，年轻的主人公日冈继承他的遗志，继续为一方和平努力的故事。