在澳洲大堡礁的深海中，小丑鱼爸爸玛林和儿子尼莫简单幸福的生活着，可是爸爸做事常常畏首畏尾，是个胆小鬼，尼莫觉得爸爸很不勇敢，甚至有点看不起自己的爸爸。小尼莫却天不怕地不怕，跟同伴们去水面玩耍的时候，竟然被渔网捞了起来，辗转被卖到一家牙医诊所。玛林对儿子的生死未卜感到十分的担忧，就算平时不能大胆行事，为了儿子也要勇敢豁出去了。可是在路上遇到了很多艰难与恐惧，令他十分胆怯。幸好他遇到了好心的多瑞，一路与他作伴。父子俩都遇到了很多热心的帮助，最终都能重逢，玛林也从此成为儿子以及大家心中的英雄。

《黑客帝国动画版》由9段以《黑客帝国》系列电影世界观为基础生发出的短片组成，各篇的角度与风格各异，制作班底汇聚了日本、美国、韩国三地的动画精英。《机器复兴》讲述了MATRIX的历史。机器人不堪人类恶劣对待，终于反抗并将人类化为能源。《少年故事》讲述一名少年突然收到来自网络的召唤，而大批黑衣人开始对他展开围捕。《虚拟程序》展示了一对男女在虚拟训练程序中的片断。《世界纪录》描写一位短跑运动员在接近突破人类极限时终被系统牢牢控制。《超越极限》叙述因为系统错误，平静的街区中出现了一片超常区域。《侦探故事》描写一位侦探被步步引领着试图摆脱系统的桎梏。《矩阵化》讲述一只机器人被人类捕获并驯化的故事。《终极战役》记录了一艘飞船毁灭的经过。

故事从希腊神话的纷争女神艾莉丝（米歇尔·菲佛 Michelle Pfeiffer 配音）开始，她是一个喜欢混乱的女神，她盗走了“和平宝典”，又将这个罪名嫁祸给了辛巴达（布拉德·皮特 Brad Pitt 配音），护送“和平宝典”的王子普罗士（约瑟夫·费因斯 Joseph Fiennes 配音）是辛巴达的从小玩得好的朋友，“和平宝典”被窃也使得他的任务失败，无法向自己的王国交代，而王国里的大臣都一致认为是辛巴达盗走了。但普罗士相信辛巴达的清白，他主动提出以自己生命做抵押，让辛巴达追回宝物“和平之书”。普罗士的未婚妻玛琳娜（凯瑟琳·泽塔-琼斯 Catherine Zeta-Jones 配音），为监视辛巴达也偷偷登上了船。辛巴达能否经受考验，为夺回“和平之书”救出朋友的性命？他和玛琳娜又在患难中发生了怎样的爱情？ 影片改编自阿拉伯民间故事《一千零一夜》中的《辛巴达航海记》。

因为不满工作待遇，达菲鸭（Joe Alaskey 配音）要求离开华纳电影公司，为了保证这个淘气鬼在外面不惹麻烦，公司的副总裁凯特（珍娜·艾夫曼 Jenna Elfman 饰）表面上命令一直郁郁不得志的龙套演员德瑞克（布兰登·费舍 Brendan Fraser 饰）护送达菲鸭，实则是为了监视它的一举一动。                                                                      　　德瑞克的父亲达米安（提摩西·道尔顿 Timothy Dalton 饰）失踪已久，其原因要归结到一块拥有强大法力的“神秘之石”上。达菲鸭得知了有关石头的秘密，心中蠢蠢欲动的它说服了德瑞克，两人随即踏上了寻找达米安踪迹的旅途。与此同时，兔八哥（Joe Alaskey 配音）和凯特亦得知了神秘石的消息，面对如此珍宝，他们自然不会善罢甘休。

查宾是一个孤独的孩子，从小失去双亲的他每天跟苏沙婆婆相依为命。男孩有点自闭，喜欢跟小狗布鲁诺说话，喜欢独自骑单车。美丽都三姊妹的歌声陪伴他们过着平静日子。终于，婆婆看出了查宾单车方面的天分，要把他培养成才，于是风雨不改的陪孩子训练。                                                                      　　查宾终于可以参加环法自行车大赛了。然而却因为黑手党要控制赛果而出了意外，查宾和其他两个选手被歹徒挟持到了美丽都。婆婆奋不顾身，带着布鲁诺坐上颠簸的小船，前往搭救她的孙子。在流落他乡的街头，婆婆遇上了美丽都三姐妹，她们一起投入到拯救小查宾的队伍当中。

东京、大阪、京都相继发生杀人事件，5名死者皆是被头戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬间杀害。警方介入调查，发现死者都是出没于3地专门偷窃有名的佛像及美术品的偷盗集团“源氏萤”成员。该集团共有成员8名，以义经的家臣名字互相称呼，且都持有一本《义经记》，被害5人手中的《义经记》均被拿走。                                                                      　　这日京都古寺山能寺收到奇怪书信，说若能解开信中所附的画谜，便能找到8年前被窃的如来佛像。柯南、小兰随毛利小五郎来到该寺，均对画谜一筹莫展。5名被杀者之一曾对与新一不相上下的大阪高中生服部平次照料有加，服部也来到京都对案件秘密展开调查，并借机找寻自己的初恋情人。柯南与服部相遇联手调查时，发现有人想置服部于死地，紧接“源氏萤”另一成员被害，而这一切，似乎又都与画谜有关。

圣诞夜，退役自行车选手Gin，性倒错者花，离家出走的少女美由纪三人在东京的雪夜中无所事事。这时，他们发现垃圾堆中有一位哭泣的弃婴。孩子的襁褓中仅有一个酒吧的名片与照片。婴儿的父母身份成了谜团。 花想收留孩子，并将孩子取名清子。但另外2人表示反对。于是三人开始了寻找清子父母的旅程。圣诞夜幸福的气氛，伴随的却是怀中清子的哭泣。无家可归的三个人，开始为同样无家可归的清子找寻属于她的家。这一队流浪者，在一夜经历了诸多奇妙的事件。他们能找到清子的父母吗？