2248年，休眠的C40小队队长方毅（任天野 饰）和他的小队成员刘火（王韬 饰）、段依山（程汉 饰演）等被人工智能控制系统“长夜之光”唤醒，并将执行一项绝密任务——潜入基因药物研究中心，销毁所有药物及试验资料。而研究中心已经遭到Mr.Dee（丁海峰 饰）带领的黑羽会入侵，为了获得延长休眠的权限，C40小队必须接受这场生死行动……

地球航天基地捕捉到一组神秘的信号，科学家认为信号来自宇宙其他的文明。为探寻外星文明，舰长“原”驾驶着星际飞船——深空号，带领全船93名船员和智能机器人“柒”驶向宇宙，踏上星辰征途。但不久后，飞船神秘失踪。                                                                      　　150年后，深空号飞船突然出现在地球轨道附近，船上只剩下一名幸存的休眠者， 她是舰长原的恋人“尹”。人类航天部门成立临时委员会，对尹进行调查和询问，“深空号”的惊悚经历徐徐展开。