第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。                                                                      　　此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。                                                                      　　在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。

故事讲述两派来到地球后，因为发生了一些“事件”，导致双方外形大变（也解释了两系列风格不同的原因）。也由于这些“事件”，变形金刚要隐藏于人类社会之中。如何去平衡一切关系是擎天柱作为领袖将要面临的考验，本作品的标题也由此而来。

故事发生在遥远的未来世界，此时，人类对于太空的勘探已经发展到了成熟的阶段，梅尔（内森·菲利安 Nathan Fillion 饰）是太空船“宁静号”的船长，每一日，梅尔都驾驶着他的“家”，穿梭在浩瀚的宇宙之中。                                                                      　　宁静号拥有九名乘客，这九人地位悬殊，个性迥异，每一个人都有着一段不可告人的灰暗往事，而他们脱离陆地登上宁静号，亦有着各自不同的理由。九人唯一的共同点在于，他们都是地上世界中的“刺头”。为了维持生计，宁静号接纳一切能够赚钱的任务，其中甚至有些看起来并不是那么合法，与此同时，梅尔船长亦要带领他的船员们设法逃脱联邦政府的追踪。

一名时尚编辑的在派对上亲吻了一个年轻而有魅力的陌生人，事后却得知此人不仅是她的新同事，还是她老板的儿子，这让她职场的东山再起之路遭遇挫折。

第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。                                                                      　　此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。                                                                      　　在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。

这一季的故事发生在上一季的3年后。这一季里，托尼（卡洛斯·博纳德 Carlos Bernard 饰）和米歇尔（蕾可·艾尔丝沃斯 Reiko Aylesworth 饰）结婚了，并且成为了CTU的主管，而杰克（基弗·萨瑟兰 Kiefer Sutherland 饰）的女儿金姆也加入CTU成为了一 名情报分析员。剧情由一具被扔在洛杉矶卫生中心外并感染了致命病毒的尸体开始。一个墨西哥毒枭为了让美国政府释放自己的哥哥，以致命病毒为恐吓。杰克也因此又踏上了反恐调查之路。而这一季里面，杰克的调查并不顺利，为了打入毒贩内部，杰克不惜染上毒瘾，这导致他在调查中困难重重。而白宫方面，获得连任的鲍尔默总统（丹尼斯·海斯伯特 Dennis Haysbert 饰）康复后身边多出了一位私人医生女友，而总统的弟弟韦恩成为了他的得力助手，在连任压力面前，又要化解这场生化危机。总统还能像前几次那样给予杰克强有力的支持吗？

遥远的未来，人类离开不堪负荷的地球，在新的星系延续了文明，那些星系中心的星球组成联盟，不断尝试将偏远的蛮荒星球纳入势力范围。少女瑞娃（Summer Glau 饰）在联盟的这一政策下被改造成为感觉敏锐、身手矫健的战斗机器。瑞娃之兄西蒙将其救出，带到了前抵抗组织成员——马尔 （Nathan Fillion 饰）的运输飞船——“宁静号”上。另一方面，联盟议会为防止瑞娃可能掌握的情报外泄，派出手段毒辣的特使追索不休。马尔一行因瑞娃的战斗模式被联盟唤醒而多次陷入险境，船员们不得不在毫无理性的宇宙掠夺者和联盟的阻击中艰难前往边缘之地——摩兰达，在那里，埋藏着一段联盟不愿示人的罪恶往事……                                                                      　　本片为电视剧集《Firefly》的后续和结局，获2006年土星奖最佳女配角等专业褒奖。